在Charact-IL-2临床试验中，对12名SLE患者进行低剂量IL-2治疗。患者在9周内接受4个周期的每日5次注射，每次1.5百万国际单位的阿德司伦（图1A）。

IL-2治疗显著扩展了CD3+ CD4+ CD127lo FOXP3+ CD25+ Treg细胞，达到了主要终点，即第0天（基线）和第68天（终点）之间的Treg细胞显著扩展（图1B）。IL-2治疗减少了疾病活动性，改善了SLE相关血清标志物，包括增加C3c（不包括C4）和降低抗dsDNA抗体水平（图1C、1D），并减少了每日泼尼松剂量（图1E）。不良事件通常较轻且暂时，最常见的是注射部位反应、类流感症状和关节痛。

在组织层面，IL-2治疗显著增加了皮肤中的Treg细胞，而对其他免疫细胞亚群影响较小（图1H).浸润的Treg细胞中增殖标记物Ki-67的表达未显著变化，表明Treg细胞主要通过循环迁移到皮肤，而非局部增殖（图1J）。IL-2治疗后，Treg细胞与内皮细胞的相互作用增加，表明它们通过血管浸润到皮肤（图1K、1L）。相比其他细胞类型，皮肤淋巴细胞相关抗原（CLA）+ Treg细胞在血液中选择性扩展，并表现出更高的功能激活（图1N-P）。

总之，这些结果显示了SLE患者对低剂量IL-2治疗的良好反应，并且IL-2促进了具有皮肤归巢特性的Treg细胞的扩展与皮肤浸润。

2.IL-2优先扩增特定的Treg细胞群

在详细分析主要免疫细胞亚群后，采用无监督聚类方法对Treg细胞群进行了进一步探索。通过FlowSOM聚类识别了所有主要免疫细胞亚群，Treg细胞识别出12个具有不同表型的簇（图3A、3B）。轨迹显示从左侧的CD45RA+ Treg表型逐渐过渡到右侧更活化的CD45RA− Treg表型。IL-2治疗前，SLE患者的Treg细胞成熟度和活化程度低于健康对照，这一缺陷在治疗后得到了纠正，Treg细胞向活化簇转移（图3C）。

分析簇时发现，RTE Treg细胞（簇6）在SLE患者中数量较少，治疗过程中逐步恢复（图3D）。验证簇6的RTE Treg细胞在IL-2治疗下的恢复，结果显示SLE患者的CD45RA+ CD31+ RTE Treg细胞减少，IL-2治疗后显著增殖，频率增加2-3倍（图3E），而CD4+ RTE Tconv细胞无变化（图3F）。

鉴于簇7、9和12的Treg细胞对IL-2最敏感，基于表面标记物CD38和HLA-DR进一步细分CD45RA− Treg细胞为四个亚群：CD38− HLA-DR−双阴性（DN）Treg、CD38+ Treg、HLA-DR+ Treg和CD38+ HLA-DR+双阳性（DP）Treg细胞（图3G）。基线时这些亚群占CD45RA− Treg细胞的约25%，IL-2治疗后扩展至约55%，其中CD38+ Treg扩展1.5倍，HLA-DR+ Treg扩展1.9倍，DP Treg扩展3.8倍。

这些结果表明IL-2治疗对不同Treg细胞簇具有差异化作用，尤其是表达CD38和/或HLA-DR的Treg细胞对IL-2最敏感，同时还纠正了SLE患者中RTE Treg细胞输出不足的问题。

单细胞转录组学和表观基因组学分析进一步揭示了Treg细胞亚群的功能表型和转录调控因子。对3名SLE患者在IL-2治疗前后（第0天和第5天）的外周血单个核细胞（PBMCs）进行了单细胞RNA测序，加权最近邻聚类揭示了与CD45RA+ Treg、DN Treg、CD38+ Treg、HLA-DR+ Treg和DP Treg细胞相匹配的亚群（图4A、4B）。RNA表达分析显示，CD38+ Treg、HLA-DR+ Treg和DP Treg细胞之间大多数基因共享表达，但部分基因为特定亚群独有（图4C）。三大亚群的蛋白和RNA表达差异分析揭示了它们独特的激活程序，包括与迁移、激活和抑制相关的蛋白和基因（图4D、4E）。

对比CD38+ Treg、HLA-DR+ Treg和DP Treg细胞亚群的激活状态，发现DP Treg细胞在激活标志物如CD25、FOXP3、ICOS等的表达上最高，并具有最强的增殖能力（图4F、4G）。通过ATAC测序分析Treg亚群的基因可及性，结果显示不同亚群间存在显著差异。主成分分析和差异可及区间配对分析表明，HLA-DR+和DP Treg细胞在转录因子结合位点上的相似度最高。DP Treg细胞表现出强烈的BATF转录因子可及性，这在非淋巴Treg细胞中至关重要。

综上所述，这些结果支持IL-2驱动的Treg细胞亚群的存在，并揭示了这些亚群在转录和表观基因组层面的差异调控，其中DP Treg细胞是高度活化和抑制性的亚群，具有显著的BATF转录因子可及性。