随着对SSc的不断深入研究，人们发现几乎所有的SSc患者的外周血中均可检测到多种自身抗体，这些自身抗体具有高度的特异性且相互独立，并与疾病的某一亚型高度相关。部分特异性抗体还与SSc特征性的脏器受累、疾病活动度、病情严重程度及生存率相关，因而也可用于预后评估。

抗Scl-70抗体发现于1979年，靶抗原是一种相对分子量为70kDa的蛋白质，一种松弛超螺旋双链DNA酶，称为拓扑异构酶I（Topo I），因此抗Scl-70抗体也称为抗拓扑异构酶I抗体。抗Scl-70抗体对SSc具有高度特异性（>99%），很少和其他SSc相关ANA共存，在亚洲人群中，阳性率在30%左右。抗Scl-70抗体主要与dcSSc和肺间质纤维化高度相关，是疾病预后不良的指标之一。同时其水平与dcSSc患者的皮肤纤维化程度和脏器受累程度呈正相关，可作为疾病活动度的动态观察指标。

抗着丝点抗体（ACA）识别3个主要着丝点蛋白（CENP-A、CENP-B和CENP-C），其中针对抗CENP-B和CENP-A抗体的SSc诊断敏感性为36.8%，特异性>97%。ACA阳性多发现于lcSSc患者体内，ACA阳性患者并发肺动脉高压（PAH）的风险明显增高，但患间质性肺病（ILD）的风险降低。ACA阳性患者并发症相对较少，整体预后较好，但PAH仍是SSc患者的主要死亡原因之一，故ACA阳性且无PAH的患者预后良好。

抗RNA聚合酶Ⅲ抗体包括抗RNA聚合酶ⅢRP11和抗RNA聚合酶ⅢRP155，RP11对SSc的特异性为100%，RP155的特异性为99.3%，阳性率为5%-12%，不同国家有较大差异。抗RNAPⅢ抗体主要与SSc患者的肾危象（SRC）相关，近年来因血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）可有效治疗SRC，死亡率逐渐降低。另外，抗RNAPⅢ抗体还与SSc相关肿瘤发病有关，2年内的癌症风险增加了5倍，建议抗RNAPⅢ抗体阳性的SSc患者需进行恶性肿瘤的筛查，并保持密切随访。

抗Th/To抗体的靶抗原为核糖核酸酶线粒体RNA和核糖核酸酶P复合物的亚基。在SSc患者中的阳性率为0%-6%，多见于lcSSc患者，被认为对SSc是相对特异的，因为它们很少在其他自身免疫性疾病中被发现。抗Th/To抗体阳性的lcSSc患者发生PAH、ILD和SRC的频率更高，存活率降低，预后较差。

抗原纤维蛋白抗体识别核仁蛋白中高度保守的34kDa蛋白，该蛋白是box C/D snoRNP颗粒的主要组分，也称为抗U3-RNP抗体。AFA在少于10%的SSc患者中发现，最常见于男性和非裔美国人，与dcSSc和重叠综合征相关，该抗体阳性常预示着病情较严重，患者出现，PAH，肌炎和肾脏受累等现象的几率增加，使患者生存率降低。

抗PDGFR抗体在SSc发病过程中起着重要作用，病理性转化生长因子β信号传导增加PDGFR表达，PDGFR与抗PDGFR的结合导致Ras-细胞外信号调节激酶（ERK）1/2的扩增-活性氧（ROS）级联反应，导致胶原蛋白产生增加。抗RDGFR抗体的特异性可达99.4%，但阳性率很低，建议使用最为合适的检测方法来检测该抗体，以得到最佳的检测结果。

抗U11/U12 RNP抗体的抗原是含有U11和U12 RNA的核小核糖核蛋白颗粒的复合物。SSc患者抗U11/U12 RNP抗体的阳性率大约为3%，但具有高度特异性（-100%），且与严重的肺纤维化相关。有研究发现，该抗体阳性的患者均伴有雷诺现象，胃肠道受累发生率高，发病2年内进展为癌症的风险较ACA阳性患者高4倍以上。

抗PM-Scl抗原由11至16个多肽组成，其中相对分子质量为75000和100000的两种蛋白质为主要抗原组分。抗PM-Scl75和抗PM-Scl100在SSc中的阳性率分别为12.2%和4.9% ,在lcSSc患者中的检出率高于dcSSc患者，患者发病年龄较轻，该抗体阳性患者多伴有肌炎/皮肌炎的重叠综合征、骨骼肌病变、肺纤维化和钙质沉着。

抗Ku抗体的靶抗原Ku是一种参与DNA修复的DNA结合蛋白，并参与DNA复制和基因转录调控。抗Ku抗体在PM/SSc重叠综合征患者中阳性率可达55%。在SSc患者中，抗Ku抗体阳性与肌肉和关节受累密切相关，较少发生毛细血管扩张。

抗NOR90 抗体是非SSc特异性抗体，也存在于系统性红斑狼疮（SLE）、干燥综合征（SS）、类风湿关节炎（RA）等自身免疫性疾病及恶性肿瘤中。多发现于男性患者，在SSc患者中的阳性率约为6.1%（lcSSc 6.1%, dcSSc 4.1%）。高达50%的抗NOR90抗体阳性患者伴有雷诺现象，该抗体与ILD相关性强，患者预后较好。

抗Ro-52抗体非疾病特异性抗体，不仅在SSc中有较高的阳性率（20%-30%），在SLE、SS、PM、DM、RA中都可检出。但是有研究证明，抗Ro-52抗体阳性与SSc中的肺部受累相关。